Ngày 16 tháng 11 năm 2002, cô cưới Pierre-Yves Hardenne, một huấn luyện viên môn quần vợt tại Château de Lavaux-Sainte-Anne. Từ đó, tên thi đấu của cô được đổi thành Justine Henin-Hardenne vì luật Bỉ không yêu cầu phụ nữ đổi họ theo chồng. Người ta thường nói tới đám cưới này như một điều tích cực đến sự nghiệp của cô vì sau đám cưới, cô có một năm thi đấu rất thành công khi liên tiếp giành được 3 chức vô địch Grand Slam cũng như huy chương vàng tại Thế vận hội Athena 2004.

Đầu tháng 1 năm 2007, nhiều hãng tin loan báo cô đã trở lại với tên cũ "Justine Henin" sau khi li dị chồng. Trên trang chủ của mình, Justine Henin đã khẳng định điều này.